Le décret n° 2013-917 du 14 octobre 2013 relatif au contrôle interne des régimes obligatoires de Sécurité sociale et des organismes concourant à leur financement prévoient que le Directeur et le Directeur Comptable et Financier d’une MSA établissent un plan de contrôle interne actualisé chaque année. Ce plan précise les actions de maîtrise et les axes de contrôle prioritaires pour le Directeur et le Directeur Comptable et Financier ainsi que les objectifs de maîtrise des risques associés, notamment en matière de traitement et de paiements des prestations sociales, ainsi que de calcul, d’émission et de recouvrement des cotisations.